Forskning er en vigtig del af vores arbejde. Den videnskabelige stab i Aalborg Zoo beskæftiger sig med forskning, som kommer både dyrene i zoo og de vildtlevende populationer til gode. Der forskes blandt andet indenfor adfærdsbiologi, populationsbiologi og veterinære opgaver. Forskningen foregår i tæt samarbejde med Aalborg Universitet, AAU.
Aalborg Zoo støtter studerendes forskningsprojekter gennem Aalborg Zoo Conservation Foundation - AZCF.